La Ville de Tsukuba se trouve dans la préfecture d'Ibaraki, à 50km au nord-est de Tokyo, la capitale, facilement joignable grâce au Shinkansen. C'est dans cette ville universitaire, dédiée à la recherche pour les nouvelles technologies que se trouve l'Université Tsukuba, siège du professeur et directeur Kishimoto. Son laboratoire secret se cache d'ailleurs dans les anciens sous-sol du bâtiment.
Comparée à ses voisines, Tsukuba est une petite ville pour ses quelques 200 000 habitants mais elle possède ses avantages. En plus d'avoir son lot d'activités et de bars sur les différents campus étudiants, ses alentours offrent un tas de divertissements divers et variés. A l'est de la ville, en passant par Tsushiura une autre ville en quelques minutes à peine grâce au Shinkansen, se trouve le lac Kusumigaura. Nul besoin de décrire tous les sports et loisirs proposés sur ses berges qui ne manqueront pas de contenter les plus actifs. Si l'eau peut ne pas être au gout de tout le monde, le Mont Tsukuba, planté fièrement au nord de la ville, offre lui aussi de quoi émerveiller les touristes et amateurs comme ses quelques temples shintoïstes et rotenburo parsemés dans la vallée et sur ses flancs.